1998年3月6日，经中国证监会批准，南方基金作为国内首批规范的基金管理公司正式成立，成为我国“新基金时代”的起始标志。

公司股权结构稳定，公司主要股东为华泰证券股份有限公司（41.16%）、深圳市投资控股有限公司（27.44%）、厦门国际信托有限公司（13.72%）和兴业证券股份有限公司（9.15%）。

南方基金总部设在深圳，北京、上海、深圳、南京、成都、合肥六地设有分公司，在深圳和香港设有子公司——南方资本管理有限公司（深圳子公司）和南方东英资产管理有限公司（香港子公司）。南方东英是境内基金公司获批成立的第一家境外分支机构。