2005年8月,南方基金首批入选全国企业年金基金投资管理人。2006年4月,南方基金签下业内第一份单一计划企业年金投资管理合同。2006年7月,第一个组合正式投资运作。
2004年12月,南方基金成立了专门的养老金业务部门,主要负责年金业务的市场营销、日常服务和综合管理。在年金投资管理方面,于年金业务开展之初,针对年金投资管理建立了公私募分离的投资决策架构。2017年5月成立了专门的年金投资管理部门——权益专户投资部和固定收益专户投资部,分别负责年金权益资产和固定收益资产的投资。2020年7月,南方基金针对年金业务股债混合的投资特点设立与权益投资、固收投资并行的混合资产投资条线,新设混合资产投资部,负责年金资产的投资管理。 截至2024年3月31日,南方基金管理企业年金组合271个,管理企业年金资产规模合计2138.76亿元。